Sau chuyến thăm năm 1989, Hồng y Etchegaray lại đến thăm Việt Nam tháng 11/1990, chính thức đánh dấu việc nối lại các tiếp xúc giữa Tòa Thánh và chính quyền Việt Nam. Kể từ chuyến viếng thăm này, hàng năm, Tòa thánh cử đoàn Ngoại giao thăm Việt Nam, cách riêng đến thăm Ban Tôn giáo Chính phủ và giải quyết các vấn đề mục vụ của Giáo hội. Dần dần, các cấp lãnh đạo hai bên thực hiện chuyến thăm lẫn nhau cũng tăng dần.[7] Năm 1994, Campuchia và Tòa Thánh thiết lập quan hệ ngoại giao thì vị Sứ thần tại Campuchia vẫn đảm nhận liên lạc với Việt Nam một cách không chính thức.

Từ cuối thập niên 2000 trở đi, trong khuôn khổ chuyến viếng thăm nước Cộng hòa Italia (hoặc châu Âu), các giới chức cao cấp nhất của nước Cộng hòa Xã hội Việt Nam cũng đã đến hội kiến các vị giáo hoàng đương nhiệm tại Vatican. Ngày 25 tháng 1 năm 2007, Thủ tướng Việt Nam Nguyễn Tấn Dũng đã viếng thăm Vatican, hội kiến Giáo hoàng Biển Đức XVI và Hồng y Quốc vụ khanh Tarcisio Bertone. Đây là vị thủ tướng đầu tiên của Việt Nam đến Vatican hội kiến Giáo hoàng, kể từ sau năm 1975.[24]

Đầu năm 2009, trong bài trả lời phỏng vấn Thông tấn xã Công giáo UCA sau Cuộc viếng thăm Ad Limina, Hồng y Gioan Baotixita Phạm Minh Mẫn (Tổng Giáo phận Thành phố Hồ Chí Minh) cho rằng, cuộc đàm phán thiết lập quan hệ ngoại giao giữa Tòa Thánh và Việt Nam hiện nằm ở phía chính quyền Việt Nam, và "Tòa Thánh đã sẵn sàng để thiết lập quan hệ ngoại giao với Việt Nam trong một thời gian dài. Những vấn đề then chốt hiện nay nằm ở chính quyền Việt Nam"[25]. Vào tháng hai năm 2009, phái đoàn của Tòa Thánh do Thứ trưởng Ngoại giao - Đức ông Pietro Parolin (nay là Hồng y Quốc vụ khanh tức Ngoại trưởng Tòa Thánh) dẫn đầu - đã đến thăm và làm việc tại Hà Nội, cả hai bên đã quyết định thành lập các "Nhóm Công tác hỗn hợp Việt Nam - Vatican" để thảo luận vấn đề về quan hệ ngoại giao[2].

Ngày 11 tháng 12 năm 2009, Chủ tịch nước Việt Nam Nguyễn Minh Triết hội kiến với Giáo hoàng Biển Đức XVI và Hồng y Tarcisio Bertone tại Vatican[26][27]. Đây là vị nguyên thủ quốc gia đầu tiên của Việt Nam đến Vatican hội kiến Giáo hoàng, kể từ sau năm 1975. Ngày 8 tháng 1 năm 2011, Hồng y Ivan Dias, Bộ trưởng Bộ Truyền giáo Tòa thánh Vatican với vai trò Đặc sứ của Giáo hoàng sang dự lễ bế mạc Năm Thánh 2010 tại La Vang và đã được Thủ tướng Nguyễn Tấn Dũng tiếp.

Ngày 22 tháng 1 năm 2013, một phái đoàn quan chức cấp cao do Tổng bí thư Đảng Cộng sản Việt Nam Nguyễn Phú Trọng dẫn đầu đã đến thăm Tòa thánh Vatican. Tổng Bí thư Nguyễn Phú Trọng đã có cuộc tiếp kiến trong vòng 30 phút với Giáo hoàng Biển Đức XVI tại Tòa thánh Vatican. Ông đã tặng Giáo hoàng bức sơn mài có hình chùa Một Cột ở Hà Nội, và được Giáo hoàng tặng một bức tranh hình một phông ten trong nội thành Vatican. Giới quan sát nhận định, đây là điều ít khi xảy ra, vì giáo hoàng thông thường chỉ tiếp các nguyên thủ quốc gia, các thủ tướng hoặc các lãnh đạo chính trị tiếng tăm thế giới,[28] ít khi tiếp một lãnh đạo chính đảng. Đoàn Việt Nam cũng đã hội kiến với Hồng y Tarcisio Bertone, Quốc vụ khanh Tòa Thánh, với sự hiện diện của Tổng Giám mục Dominique Mamberti, Ngoại trưởng Tòa Thánh, cùng với một số chức sắc thuộc Bộ ngoại giao Tòa Thánh. Thông báo của Phòng Báo chí Tòa Thánh cho biết "Đây là lần đầu tiên một vị Tổng bí thư Đảng Cộng sản Việt Nam gặp Đức Giáo hoàng và các vị lãnh đạo cấp cao của Phủ Quốc Vụ Khanh Tòa Thánh. Trong các cuộc nói chuyện thân mật các vị đã bàn về những vần đề có quan hệ đối với Việt Nam và Tòa Thánh, đồng thời bày tỏ ước muốn một số tình trạng còn tồn đọng sớm được giải quyết và sự cộng tác phong phú hiện nay có thể được củng cố". Một trong những kết quả của quan hệ này phía là Nhà nước Việt Nam đồng ý để Tòa Thánh bổ nhiệm một vị Đại diện không thường trú tại Việt Nam, đó là Tổng Giám mục Leopoldo Girelli hồi năm 2011, việc bổ nhiệm này đã cho phép vị Tổng Giám mục này có thể đi thăm một số giáo phận, giáo xứ, dòng tu ở Việt Nam.

Ngày 22 tháng 3 năm 2014: Chủ tịch Quốc hội Nguyễn Sinh Hùng hội kiến Giáo hoàng Phanxicô.

Ngày 18 tháng 10 năm 2014: Thủ tướng Nguyễn Tấn Dũng hội kiến Giáo hoàng Phanxicô và Hồng y Quốc vụ khanh Pietro Parolin.[29][30]

Ngày 24 tháng 11 năm 2016, Chủ tịch nước Trần Đại Quang hội kiến Giáo hoàng và Thủ tướng Vatican tại Vatican[31].

Trong thời gian qua, Ủy ban làm việc chung giữa Tòa Thánh và Nhà nước Việt Nam vẫn gặp gỡ hàng năm để thảo luận về quan hệ hai bên.

Ngày 18 tháng 1 năm 2018, Thứ trưởng Bộ Ngoại giao Vatican, Đức ông Antoine Camilleri dẫn đầu phái đoàn đến thăm Việt Nam. Phái đoàn đã lần lượt được tiếp kiến Thủ tướng Nguyễn Xuân Phúc, Phó Thủ tướng, Bộ trưởng Ngoại giao Phạm Bình Minh; gặp làm việc với Thứ trưởng thường trực Ngoại giao Bùi Thanh Sơn và Trưởng ban Ban Tôn giáo Chính phủ Vũ Chiến Thắng.[32]

Ngày 20 tháng 10 năm 2018, sau cuộc hội kiến của ông Trương Hòa Bình, Phó Thủ tướng Việt Nam với Giáo hoàng Phanxicô, hai bên nhất trí sẽ nâng cấp quan hệ ngoại giao lên mức "Đại diện Thường trú". Nhân dịp này, ông Bình cũng chuyển lời mời của Thủ tướng Nguyễn Xuân Phúc mời Hồng y Quốc vụ khanh Tòa Thánh Pietro Parolin và hồng y này đã nhận lời mời này.[3]

Vòng thứ nhất

Vòng thứ hai

Phiên họp vòng hai của Nhóm Công tác Hỗn hợp Việt Nam - Vatican đã diễn ra trong hai ngày 23 và 24 tháng 6 năm 2010 tại Vatican để tiếp nối các công việc của phiên họp vòng một đã diễn ra ngày 17 tháng 2 năm 2009 tại Hà Nội. Đồng chủ tọa các vòng họp là Đức ông Ettore Balestreto, Thứ trưởng Thánh Bộ Quan hệ với các quốc gia của Tòa Thánh và ông Nguyễn Quốc Cường - Thứ trưởng Ngoại giao Việt Nam. Cuộc họp kết thúc bằng một thỏa thuận rằng, Vatican sẽ có một đại diện không thường trú của họ đến Việt Nam do Giáo hoàng bổ nhiệm. Ngày 13 tháng 1 2011, Giáo hoàng Biển Đức XVI đã bổ nhiệm Tổng Giám mục Leopoldo Girelli - Sứ thần Tòa Thánh tại Singapore, Malaysia, Brunei kiêm chức Đặc phái viên không thường trú cho Tòa Thánh tại Việt Nam.

Vòng thứ ba

Vòng thứ tư

Vòng đàm phán lần thứ 4 diễn ra từ ngày 13 đến 14 tháng 6 năm 2013 trong tại Vatican. Phái đoàn Vatican do Đức ông Antoine Camilleri - thứ trưởng ngoại giao Tòa Thánh dẫn đầu, Thứ trưởng Ngoại giao Bùi Thanh Sơn dẫn đầu phái đoàn Việt Nam.[33] Vòng đàm phán này, phía Tòa Thánh nhấn mạnh mong muốn tiếp tục phát triển quan hệ Việt Nam - Tòa Thánh và việc cần thiết sớm có Đặc phái viên thường trú của Vatican tại Việt Nam để phục vụ cho lợi ích của các bên,[34] còn Chính phủ Việt Nam khuyến khích Giáo hội Công giáo tham gia đầy đủ trong sự phát triển của dân tộc Việt Nam.[35]

Vòng thứ năm

Cuộc gặp gỡ lần thứ năm của Nhóm làm việc chung đã diễn ra vào các ngày 10 và 11 tháng 9 năm 2014 tại Hà Nội. Phái Đoàn Tòa Thánh đã đánh giá cao phía chính quyền Việt Nam các cấp dành cho Giáo hội Công giáo tại Việt Nam để thi hành sứ mạng của mình, ghi nhận những tiến triển trong chính sách tôn giáo được phản ánh trong Hiến pháp sửa đổi năm 2013, tạo điều kiện dễ dàng cho các cuộc viếng thăm công tác của Tổng giám mục Leopoldo Girelli - Đặc phái viên không thường trú của Tòa Thánh tại Việt Nam và tái khẳng định rằng Tòa Thánh coi trọng việc phát triển quan hệ với Việt Nam nói riêng, và với Á châu nói chung và mong tiến tới mục tiêu thiết lập quan hệ ngoại giao với Việt Nam, và cùng với Giáo hội Công giáo tại nước này góp phần tích cực hơn nữa vào việc phát triển đất nước trong các lãnh vực mà Giáo hội Công giáo có thế mạnh như y tế, giáo dục, từ thiện và các hoạt động nhân đạo. Phái Đoàn Tòa Thánh nhấn mạnh rằng Giáo hoàng Phanxicô quan tâm theo dõi những tiến triển gần đây trong quan hệ giữa Tòa Thánh và Việt Nam và ông khích lệ cộng đồng Công giáo tại Việt Nam tiếp tục góp phần đẩy mạnh các mục tiêu chính của đất nước. Phía Việt Nam thì tái khẳng định chính sách nhất quán của Nhà nước và Đảng trong việc tôn trọng tự do tôn giáo và tín ngưỡng của mọi người, và trong việc hỗ trợ Giáo hội Công giáo tại Việt Nam tích cực tham gia vào việc phát triển đất nước về mặt xã hội và kinh tế.[36]

Vòng thứ sáu

Ngày 27/10/2016, hai bên ra thông cáo chung về kết quả vòng đàm phán thứ sáu. Theo đó, phía Việt Nam tái khẳng định sự cải tiến liên tục và cụ thể trên bình diện lập pháp và chính trị liên hệ tới sự thăng tiến và bảo vệ tự do tín ngưỡng và tôn giáo của các công dân, cũng như sự khuyến khích và liên tục tạo điều kiện dễ dàng cho sự dấn thân tích cực của Giáo hội Công giáo trong chính nghĩa quốc gia phát triển xã hội và kinh tế và Tòa Thánh bày tỏ sự hài lòng với chính phủ Việt Nam vì đã quan tâm đến các nhu cầu của Giáo hội Công giáo, như việc khánh thành Học viện Công giáo mới đây và giúp tổ chức các buổi lễ và các biến cố quan trọng của Giáo hội. Giáo hoàng Phanxicô nồng nhiệt quam tân đến sự phát triển các quan hệ giữa Việt Nam và Tòa Thánh, Tòa Thánh cầu mong cộng đồng Công giáo có thể tiếp tục cống hiến sự đóng giúp quí giá bằng cách cộng tác với các nhân tố khác trong xã hội Việt Nam, và phù hợp với luật pháp có liên quan, để phát triển đất nước và thăng tiến công ích.[37] Thứ trưởng Thường trực Bộ Ngoại giao Bùi Thanh Sơn đánh giá quan hệ hai bên thời gian qua tiếp tục phát triển tích cực thể hiện qua nhiều cuộc tiếp xúc cấp cao và việc duy trì các cơ chế trao đổi thường xuyên giữa Việt Nam và Toà thánh Vatican và đề nghị Toà thánh cũng như Đặc phái viên không thường trú của Toà thánh quan tâm, khuyến khích Giáo hội Công giáo Việt Nam sống tốt đời đẹp đạo, động viên chức sắc và giáo dân Công giáo tại các giáo phận đồng hành cùng đất nước, tham gia đóng góp một cách tích cực vào công cuộc phát triển kinh tế - xã hội của cả nước và ở từng địa phương.Thứ trưởng Ngoại giao Toà thánh Vatican Antoine Camilleri cảm ơn sự quan tâm của Nhà nước Việt Nam dành cho Giáo hội Công giáo Việt Nam, đánh giá cao việc các cơ quan chính quyền Việt Nam đã tạo điều kiện thuận lợi cho Đặc phái viên không thường trú của Toà thánh thực hiện tốt các chuyến thăm mục vụ Việt Nam và khẳng định Giáo hoàng Francis và Toà thánh Vatican luôn mong muốn quan hệ Việt Nam – Vatican ngày càng phát triển và cộng đồng Công giáo Việt Nam thực hiện tốt đường hướng “sống Phúc âm trong lòng dân tộc”, “giáo dân tốt là công dân tốt’, nghiêm chỉnh chấp hành pháp luật và tích cực đóng góp vào công cuộc phát triển đất nước theo tinh thần Sứ điệp và Huấn từ của Giáo hoàng.[38]